Вопрос о проблемах экологии является недостаточно ясным. В ботанической литературе он вообще не подчеркивается, и на основе анализа содержания руководств по экологии растений можно полагать, что ботаники считают «проблемами экологии» классификации так называемых экологических факторов и в отрос о жизненных формах растений.
Зоологи обычно называют основной проблемой экологии изучение динамики численности организмов, а также относят сюда такие вопросы, как акклиматизация (Д. Н. Кашкаров), борьба за существование, понятие целостности вида (С. А. Северцов) и т. п.
Подобную трактовку вопроса о проблемах экологии мы не можем признать правильной. Учение о виде или явление акклиматизации нельзя относить к проблемам экологии по той причине, что они имеют общебиологическое значение, и экология наряду с другими науками рассматривает лишь часть относящихся к ним вопросов.
Проблемы науки исходят из ее основного содержания и связаны с разрешением крупных теоретических и практических задач. Проблемы экологии должны вытекать из ее содержания и задач и иметь народнохозяйственное значение. В качестве основных проблем экологии могут быть названы: закономерности взаимоотношений организмов со средой, экологическая пластичность организмов, организмы как индикаторы, биологический метод очистки среды и борьбы с вредными организмами, плодовитость как приспособление к выживанию, динамика численности организмов и ее прогнозирование, охрана и преобразование живой природы.